Caminhos Antigos e Povoamento do Brasil. 2^a Edição. Edição da Sociedade Capistrano de Abreu. Rio de Janeiro, Briguiet, 1960.

Capítulos de História Colonial (1500-1800). 6^a Edição. Revisado, anotado e prefaciado por José Honório Rodrigues. Rio de Janeiro, Briguiet, 1976.

Capítulos de História Colonial (1500-1800) & Caminhos Antigos e Povoamento do Brasil. 5^a Edição. Edição revisada, prefaciada e anotada por José Honório Rodrigues. Brasília, Editora Universidade de Brasília, 1963.

História Colonial. Rio de Janeiro, /s.e./, 1928.

Correspondência de Capistrano de Abreu. Editado, organizado e prefaciado por José Honório Rodrigues. Rio de Janeiro, INL; São Paulo, Revista dos Tribunais, 1954-1956.

Ensaios e Estudos (Crítica e História)1^a Série. Edição da Sociedade Capistrano de Abreu. Rio de Janeiro, Briguiet, 1931.

Ensaios e Estudos (Crítica e História)2^a Série. Edição da Sociedade Capistrano de Abreu. Rio de Janeiro, Briguiet, 1932.

Ensaios e Estudos (Crítica e História)3^a Série. 2^a Edição. Edição da Sociedade Capistrano de Abreu. Rio de Janeiro, Briguiet, 1969.

O Descobrimento do Brasil. Edição da Sociedade Capistrano de Abreu. Rio de Janeiro, Anuário do Brasil, 1929.

Descobrimento do Brasil e seu desenvolvimento no século XVI. Rio de Janeiro, Typ. de G. Leuzinger & Filhos, 1883.

O Descobrimento do Brasil pelos portugueses. Rio de Janeiro, Laemmert, 1900.

Rã-txa-hu-ni-ku-i, a língua dos Caxinauás do rio Ibuaçu, afluente do Muru (prefeitura de Tarauacá). Rio de Janeiro, Leuzinger, 1914.

Um visitador do Santo Ofício a cidade de Salvador e ao Recôncavo da Bahia de Todos os Santos (1591-1592). Rio de Janeiro, Typografia do Jornal do Comércio de Rodrigues e C., 1922.

Fases do Segundo Império. Brasilia, Fundação Projeto Rondon, SESU, /s.d./.

Galeria Nacional - vultos proeminentes da História Brasileira. Rio de Janeiro, /s.e./, 1932.

Ensaios e Estudos (Crítica e História), publicados no Maranguapense em 1874. Rio de Janeiro, /s.e./, 1931-1932.

CARDIM, Fernão. Tratados da terra e gente do Brasil. 2 ^a Edição. Introdução e notas de Baptista Caetano, Capistrano de Abreu e Rodolfo Garcia. São Paulo, Companhia Editora Nacional, 1939.

CASTRO, Eugenio de. Diário de Navegação de Pedro Lopes de Souza (1530-1532). Prefácio de Capistrano de Abreu. Rio de Janeiro, /s.e./, 1940.

BRANDÃO, Ambrósio Fernandes. Diálogos das Grandezas do Brasil. Introdução de João Capistrano de Abreu. São Paulo, Melhoramentos, 1977.

SALVADOR, Vicente do. História do Brasil por Frei Vicente Salvador. Edição revisada por Capistrano de Abreu e Rodolfo Garcia. São Paulo, Melhoramentos, 1954.

VARNHAGEN, Francisco Adolpho de. História Geral do Brasil. Revisão e notas de Capistrano de Abreu e Rodolpho Garcia. São Paulo, Melhoramentos, 1975.

(Biblioteca Nacional)

Resposta ao questionário sobre as circunstâncias topográficas de nossos municípios de Itapetininga, província de São Paulo. Itapetininga, 07 de dezembro de 1882.

Apontamentos sobre o município de Franca, província de São Paulo. Franca, 28 de setembro de 1882.

Notas históricas sobre a Bahia, coligidas por João Capistrano de Abreu. (1 caderno)

Notas e fragmentos da língua indígena, reunidas por João Capistrano de Abreu. /s.l./, /s.d./.

Carta de Gama-Rosa a Capistrano de Abreu remetendo número do jornal Regeneração em que se publicara de Sérgio de Oliveira sobre freguesias, municípios e comarcas da Província. Desterro, 22 de outubro de 1883.

Estudos sobre a língua Caxinauá.

Vocabulário da língua Caxinauá. (43 cadernos de notas)

Diploma de sócio correspondente da "Berliner Gesellschaft für Anthropologie, Ethnologie und Urgeschichte". Berlim, 25 de julho de 1895.

[tradução] Anotações sobre botânica brasileira de Wappeus.

Fotografias doadas por Capistrano de Abreu, de índios cheréns, das margens do Tocantins, em Goiás. Abril de 1895. (45 fotos contendo anotações)

"A obra de Anchieta no Brasil". IN: O Jornal. 03/06/1927, pp. 6-7.